Les Amphibiens de Messel sont bien représentés, et c'est peut être un des plus beaux gisements pour ce type d'animaux, extrêmement rares à l'état fossile, qui plus est complet.

On y rencontre des Anoures (Crapauds - Grenouilles) et des Urodèles (Tritons - Salamandres).

La concentration de certains type de Poissons est exceptionnelle, tout comme leur conservation, où l'on observe la présence d'écailles encore en place, et des moindres détails de l'anatomie de ces animaux.

Certains spécimens montrent un animal mort étouffé par une proie trop grosse.