Les Mammifères y sont déjà très diversifiés, on y rencontre des Carnivores, des Chiroptères, Artiodactyles, Rongeurs et divers autres ordres spécifiques à l'Éocène.

En Avril 2002 un reportage de la BBC à montré les faunes de Mammifères d'Europe, dont fut tiré des espèces vivant sur le site de Messel, il y avait notamment le Lepticidium, Propaleotherium et l'oiseau Diatryma.