La plupart des otolithes ont souvent une taille inférieure au centimètres, et parfois au millimètre, il est donc impératif d'avoir préparé correctement le sédiment, calibrage, après lavage.

Ces fossiles comme pour beaucoup d'autres microfossiles nécessité le lavage des sédiments que l'on récupère des restes de tamisages, toutefois à condition d'avoir des tamis à mailles fines  (moins de 2 mm).

Dans le cas contraire il est préférable de prélever le sédiment non tamisé.

La phase de tamisage est souvent la plus pratique, la plupart des otolithes sont récoltées dans les terrains et sédiments de l'Ère Tertiaire, souvent constitués de sables fins ou grossiers.

Il est toutefois possible d'en récolter dans des terrains datés de l'Ère Secondaire, mais cela reste pour le moment assez rares pour les amateurs, les sédiments de cette Ère sont généralement argileux, et il faut passer par des phases de dissolution de la roche avant d'entamer le tamisage des éléments non dissolus.

Une fois les sédiments tamisés, il faut passer à la phase de nettoyage, on peut alors se trouver confronter à diverses phases suivant la nature du sédiment.

Lorsque ce dernier est constitué de sable grossier, comme en rencontre en Touraine, il est alors préférable de "tremper" quelques minutes (entre 5 et 10 suivant la rapidité de dissolution) le sédiment dans un acide faiblement actif (vinaigre blanc par exemple) et de rincer abondamment par la suite.

Pour ma part j'utilise du vinaigre blanc ou de l'acide chlorhydrique, attention toutefois à ne pas le laisser tremper trop longtemps (pas plus de 15-20 secondes) sous peine de voir disparaître une partie de la récolte, puis nettoyer plusieurs fois à l'eau claire pour neutraliser l'action de l'acide.

Ces opérations de récupération, puis de nettoyage étant terminées, il faut ensuite à nouveau tamiser le sédiment avec différentes taille de mailles pour éliminer les gros fragments de taille supérieur au centimètre, faire attention de gros spécimens peuvent toujours être présent, mais souvent en petite quantité.

La deuxième maille doit de préférence retenir des spécimens de taille supérieur au millimètre.

Si l'on a possibilité de le faire, il faut de préférence encore effectuer d'autres tamisage en réduisant la maille au plus petit, cela conservera les plus petits spécimens et surtout évacuera le sable résiduel.

Le tri s'effectuera de façon minutieuse (grain par grain) à l'œil nu ou bien sous une loupe binoculaire, en récupérant tous les spécimens y compris les fragments, certaines espèces peuvent être fragile et ne se présenter à l'état complet que dans de rare cas.

La détermination reste bien la phase la plus difficile pour un amateur, cependant ne pas mettre un nom sur un spécimen n'est pas grave en soit, il s'agit surtout de savoir isoler les groupes d'Otolithes en vue d'une future identification.

Ne jamais oublier qu'un bon étiquetage, en précisant la provenance et la couche d'origine est le plus important, car sans ces informations de bases, il est pratiquement impossible de déterminer le Genre et l'espèce.